Es de las más antiguas del territorio Norte del Duero, posiblemente ya los árabes tendrían en su solar una atalaya o fortaleza que, conquistada por las fuerzas cristianas, dio lugar a que naciera la población que historiamos, que bien fortificada formó parte de la segunda línea de contención de la ribera del Duero contra los avances o ataques musulmanes, de ahí que fuera poblada principalmente de nobles y gentes de armas.

En el año 1037 los merinos del conde García de Castilla tenían jurisdicción sobre Bahabón, y en el de 1087 se integraba en la del merino de Clunia. En el año 1228 tenía arcipreste, que fue testigo en una venta al convento de San Pedro de Gumiel de Izán, dice: "El arcipreste de bafabon", y los años después este convento, en el de 1255, enajenó toda esa heredad por trescientos maravedís a los nobles don Pedro Bermúdez y doña Urraca Fernández, su mujer, en el día 7 de junio, quienes además dieron al convento un molino en Bahabón, "que está fuera del huerto".

El rey don Alfonso VIII, que gobernó desde el año 1158 al 1214, había concedido al convento citado de San Pedro de Gumiel de Izán, una granja, entre otras, sita en la comarca de Bahabón, en la que "caualleros, escuderos e concejos" "las entran y pasan los términos por fuerça", por lo que el convento dirigió su queja al rey do Fernando IV, quien en el primer año de su reinado, a 28 de diciembre de 1295, ordenó a su vasallo don Pedro Nuñez de Guzmán que lo amparase, pues que había resultado cierta la denuncia del convento "por la pesquisa que yo mande facer a don sancho martines de leiva mi merino mayor en Castiella", cuya sentencia fue firmada en Burgos.